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政府高層積極研擬在這波特赦大陸違規登陸台商行動中，為聯電和艦案違規登陸案解套。據悉，政府相關部門正研議，讓聯電以變通方式買回和艦股份，使這宗違規登陸案有機會就地合法，處理方式將具指標意義。

陳水扁總統有意在卸任前特赦台商，為吸引台商回流，行政部門著手研究，如何處理過去未經許可赴大陸投資的台商，除登陸投資准許類項目已基本確定，將採取輕罰台幣5萬元方式處理外，類似聯電和艦案投資禁止類項目的案件如何處理，政府相關部門也在研議中。

2001年，當時擔任聯電董事長的曹興誠決定，在公司及個人不得參與投資、不違反政府規定的情況下，協助資深員工徐建華在大陸成立和艦，並由副董事長宣明智全權負責。曹興誠當時的想法是，要保留日後併購和艦的可能性，待兩岸政策鬆綁立即進行兩家公司合併。

不料，新竹地檢署後來以背信罪和違反商業會計法，起訴曹興誠和聯電副董事長宣明智等人，但曹興誠上訴一審成功，整起案件目前正上訴高院二審，高院將在2月22日、29 日開庭審理。

兩岸事務高層表示，早前行政部門曾希望與聯電達成和解，由聯電將和艦股權全數買回，政府即可依過去處理台積電赴大陸投資模式，研議以某種方式准許聯電大陸投資申請。

不過，聯電在行政法院的訴訟中勝訴後態度似乎轉趨強硬，不願出資買回和艦的股權，只願意以增發股票的方式買回和艦股權。但這部分未獲聯電證實。

因陳總統有意全面大赦台商，行政部門目前也在研議，如何讓糾纏多年的和艦案儘快圓滿落幕。陸委會高層表示，「會有變通辦法的」。經濟部長陳瑞隆則表示，聯電從未承認有違規赴大陸投資，未來聯電若提出赴大陸投資和艦案申請，「將個案審查」。

投審會執行秘書范良棟說，目前違規登陸涉及訴訟的有九件，除聯電和艦案兩件外，還有中芯三件、林安海投資劍騰被裁罰200萬元、萬海集團少東陳致遠投資中芯成都被罰5萬元等，這些都還在上訴階段。